В 1989 году местная православная общественность начала ходатайствовать о возвращении здания церкви Святителя Николая верующим. Первое богослужение состоялось в 1990 году, 19 декабря у стены храма; второе – к 1991 году, на Антипасху, за алтарем. Службы совершал благочинный о. Александр Линда. В конце 1991 года храм вернули верующим, и в престольный праздник 19 декабря – состоялось первое Богослужение в стенах храма, которое совершил священник Владимир Елисеев, назначенный настоятелем Никольской церкви.
В здании церкви отсутствовали полы и двери, не было электричества, стены со сбитой штукатуркой, крыша протекала, не было икон и утвари. Несмотря на такое бедственное состояние, службы проводились регулярно.
С большим трудом приступили к восстановлению храма, однако случившийся в 1996 году пожар внес свои коррективы, и все пришлось начинать заново. Благодаря стараниям настоятеля храма и подвижническим трудам прихожан, храм постепенно обновляется.
Судьбоносным в истории Никольского храма стал приезд сюда прямого потомка последних владельцев имения Николо-Урюпино епископа Василия (Родзянко).
Епископ Василий Родзянко (в миру Владимир) – внук последнего владельца усадьбы в Никольском–Урюпине Анны Николаевны (урожденной Голицыной) и Михаила Владимировича Родзянко, Председателя Государственной Думы IV созыва.
После открытия храма епископ Василий неоднократно приезжал навестить свое родовое имение и храм Николая Чудотворца.
Иногда в престольные праздники он совершал богослужения, а также Таинство Святого крещения приезжавших с ним из Вашингтона родственников и гостей. Владыка Василий помог возрождению храма посильными пожертвованиями, а главное – молитвами.
Наследники Голицыных неоднократно бывали в Никольском–Урюпино и посещали богос-лужения. Родной брат епископа Василия, Олег Михайлович с супругой и детьми также навещали родовое имение и посещали церковь.
А сын Олега Михайловича, Алексей Олегович, поселился в селе Никольском–Урюпине. На его пожертвования были восстановлены надгробия, ограда и кресты на могиле предков Голицыных. Посетила Ни-кольскую церковь и двоюродная сестра епископа Василия, монахиня Мария из храма Марии Магдалины в Гефсимании, где находятся мощи преподобномученицы Великой Княгини Елисаветы Феодоровны.
Первый священник Владимир Елисеев, восстанавливал храм и проводил богослужения одновременно в течение пятнадцати лет.
При свечах и керосиновой лампе, тазы с песком вместо подсвечников, солдатская тумбочка вместо престола и клубные занавески вместо алтарных врат.
Пола не было, только сплошные выбоины и ямы, где стояли многотонные станки. Оконные рамы затянуты пленкой. Так начиналась церковная жизнь.
Тщанием настоятеля Никольского храма Владимира Елисеева, прихожан, руководителей многих организаций и предприятий, при поддержке местной администрации, возглавляемой в то время Н.П. Ануриным, затем В.А. Федоровой, была проделана огромная реставрационная работа в Никольском храме.
Священник Владимир Елисеев прослужил в храме пят-надцать лет и ушел на покой, затем на его место в 2006 году был назначен священник, Владимир Крюков.
Благодаря стараниям нового настоятеля Владимира Крюкова по реставрации храма сделана уже большая часть работ. Построена газовая котельная, подведено газовое отопление в здание церкви.
Отреставрирован главный и Казанский приделы. Облагорожено церковное кладбище и территория храма, а также выполнено много других хозяйственных работ.
В храме открыта воскресная школа для детей и взрослых. Ведется миссионерская работа с военными.