В советское время исследованием церкви и усадьбы Никольское–Урюпино занимался С.В. Торопов. Он первый указал на белокаменную доску в притворе церкви налево от главного портала с записью о времени строительства храма Аникитой Ивановичем Одоевским.
Служба в храме прекратилась в 1939 г., утварь была утрачена.
После революции на основании декрета о земле Никольское-Урюпино, как и тысячи других "дворянских гнезд" России, было конфисковано и перешло в распоряжение земельного комитета Павловского волостного совета Звенигородского уезда. В его обязанности входил учет инвентаря, жилых и нежилых строений, находящихся здесь. В описи имущества, составленной 10 ноября 1917 года, перечислены все находящиеся в имении постройки, прежде всего служебного характера, составлявшие в прошлом экономическую основу помещичьего хозяйства: скотный двор, кузница, мельница, конюшня и т.д. Здесь же приводится опись сельскохозяйственных орудий, скота и лошадей. Однако нет ни одного упоминания о жилых домах и находящихся в них художественных и культурно-исторических ценностях. Очевидно, эта сторона была не так уж важна для местного земельного комитета.
Благодаря трудам Нины Григорьевны Калининой, посвятившей многие годы своей жизни исследованию истории Никольского Храма и усадьбы, а так же восстановлению Никольского храма, сохранились свидетельства того, как происходило разрушение и забвение Церкви. Очень интересны воспоминания живого свидетеля этих событий Ивана Алексеевича Андреева, который родился в 1909 г. и лишь пять месяцев не дожил до 100 лет. В советское время после закрытия Николаевской церкви посещал Елоховскую церковь, несмотря на свой преклонный возраст, вплоть до 1991 года, а после открытия церкви в 1991 г. он один из первых вступил в общину православных верующих. По его воспоминаниям, настоятель Никольского храма Владимир Елисеев восстановил расположение икон до его закрытия.
Рассуждая о судьбе церкви, И.А. Андреев говорил, что церковь можно было бы сохранить, если бы не чересчур активная деятельность комсомольцев. До войны церковь никто не трогал. С 1939 г. в помещении церкви было зернохранилище. Вместе с зерном стояли сеялки и веялки, но на стенах висели иконы. Ключ от церкви находился у старосты Василия Ёлкина. Житель деревни Поздняковой, Иван Сергеевич Страмнов, силой вырвал ключ из рук старосты Василия и в числе других комсомольцев приступил к погрому.
Начали ломать иконостас, сняли со стены икону Сергия Радонежского, где он был изображен во весь рост, и другие иконы, а затем демонстративно на подводе повезли через всё село на скотный двор стелить полы. В телятнике быстро настелили полы, а ночью сторож Белов в нетрезвом состоянии обронил окурок в солому, вследствие чего произошел пожар. Сгорели телята и поросята. Был страшный рев и визг. В церкви продолжали всё крушить и ломать. Пожарными крюками сдирали паникадило.
Тут подоспели и представители НКВД в кожаных куртках. Они снимали с икон дорогие оклады, а доски с образами святых бросали в разведенный тут же костер. В конце 30–х годов, в предвоенные годы, проявлялось сильное гонение на церковь. Староста церкви, Василий Дмитриевич, не смог противостоять большому количеству местных, враждебно настроенных по отношению к церкви людей, среди которых были комсомольские активисты и многие другие, возглавляемые председателями колхоза 30–х годов XX века. Особенно сокрушался Иван Алексеевич о том, что все, принимавшие участие в разорении Божьего храма, были выходцами из прихожан этой церкви. Он вспоминал, как они привезли бочку с кислотой, снимали с икон ризу и опускали в бочку.
Таким способом отыскивали драгоценные металлы. Женщины плакали и негодовали, а некоторые старались вытащить икону из костра. Иногда это удавалось. Беззащитных людей разгоняла милиция. Многие прихожане Николаевской церкви вспоминали, что по всей округе еще долгое время ветер носил вырванные страницы из богослужебных книг. Все последующие годы церковная жизнь носила жертвенный характер. Участие в богослужении клириков и мирян сопряжено было с опасностью ареста. Детей, посещавших богослужения в храмах, исключали из пионерской, комсомольской организации, а также из школы.
В то время, до ноября 1918 года, в усадьбе оставались ее бывшие владельцы - княжна Александра Николаевна Голицына и ее сестры Мария Николаевна Свербеева и Елена Николаевна Хитрово.
Здесь же были и 15 человек служащих во главе с управляющим Иваном Александровичем Рюминым. Формально они продолжали вести дела в имении. Однако вся их деятельность находилась под контролем местного комзема. Несмотря на то, что бывшие владельцы уже не имели права распоряжаться в собственной усадьбе, их не могла не волновать дальнейшая судьба их родового имения. Летом 1918 года они обращаются в отдел по делам музеев и охраны памятников искусства и старины Наркомпроса с просьбой выдать охранную грамоту на их дома в усадьбе Никольское-Урюпино, так как они "представляют художественную ценность как памятники старины… и по содержащимся в них предметам мебели, бронзы, мрамора, фарфора, картинам и порт-ретам времени конца XVIII - начала XIX столетий и малый Дом, расписанный хорошо сохранившимися художественными фресками XVIII столетия, а также включить сюда парк со стриженными аллеями в стиле XVIII столетия".
Охранная грамота была выдана в сентября 1918 года на имя Марии Николаевны Свербеевой. В ней уведомлялось, что дома в Никольском-Урюпине "со всеми находящимися в них предметами, имеющими высокое художественно-историческое значение, взяты под особую охрану Коллегией по делам музеев и охраны памятников искусства и старины Народного Комиссариата по Просвещению и не подлежит ни реквизиции, ни уплотнению, равно как и вещи в них находящиеся не могут быть конфискованы или вывезены без ведома и согласия Коллегии".
Одновременно Коллегия направляет письмо в Павловский Совдеп с просьбой "впредь до приема Народным Комиссариатом по Просвещению по описи усадьбу "Никольское-Урюпино"... передать охрану означенной усадьбы бывшим ее владельцам Голицыной, Хитрово и Свербеевой, а дом - Кесслеру (управляющий домами в имении)". Им разрешалось проживать в усадебных домах. В сентябре-октябре 1918 года Коллегия командирует в Никольское-Урюпино своих сотрудников: Т.Г.Трапезникова, Г.С.Ятманова, Ю.П.Анисимова, А.А.Рыбникова и других для приема усадьбы и проверки степени сохранности находящихся в ней художественно-исторических предметов и принятия мер к их охране.
В октябре 1918 года Звенигородский уездный земельный отдел, несмотря на обращение, туда Коллегии по делам музеев, требует от Павловского волостного земельного комитета выселения из усадьбы Никольское-Урюпино ее бывших владельцев. Уездные власти не устраивает, как ведутся дела в экономии Никольского-Урюпина, которой управляет М.Н.Свербеева. В частности, речь шла о не поступлении денег от продажи скота, фруктов и овощей. Вероятно, это был только предлог для выселения. В то время уже существовало постановление, принятое 7 октября 1918 года на съезде представителей волостных земельных отделов, которое предписывало выселять бывших владельцев из всех имений.
На этом основании и действовал Звенигородский уездный земельный отдел. 21 октября 1918 года земотдел Павловского Совдепа обратился в Музейный отдел с просьбой не-медленно принять под свою охрану дома в имении Никольское-Урюпино, так как владельцы, проживающие там, на которых была возложена до этого времени обязанность сохранять художественно-исторические предметы в усадьбе, будут выселены в трехдневный срок. " Таким образом, действия местных властей ускорили переход усадьбы Никольское-Урюпино в ведение Коллегии по делам музеев и охраны памятников искусства и старины. В ноябре 1918 года владельцы были вынуждены в спешном порядке покинуть их родовое имение, дома были опечатаны и в конце 1918 года Коллегия национализирует усадьбу Никольское-Урюпино.
После революции и изгнания из имения Николо-Урюпино князей Голицыных службы в Никольском храме совершались еще два десятилетия вплоть до 1939 года. Затем в Никольском храме разместили сельский совет, потом сделали склад, а позднее храм и вовсе превратили в мастерские. До 60–х годов использовали как зерно– и овощехранилище основные нижние приделы, а в верхних приделах располагалось правление колхоза «Путь Ленина» и сельский Совет села Николо–Урюпино, деревни Поздняково и деревни Бузланово. Затем в течение 25–ти лет в помещении церкви располагался механический цех от Красногорского механического завода, стояли штамповочные станки и штамповали гайку. В Черниговском приделе была гальваника. В верхних приделах располагалась контора и бухгалтерия цеха. С конца 1980-х годов в здании располагался художественный кооператив «Практика».
Промыслом Божиим в 70-х и 80-х годах в храме велись реставрационные работы, что не дало ему окончательно разрушиться к тому времени, как местная православная община начала ходатайствовать о возобновлении здесь богослужений. Храм в те годы попытались отреставрировать как памятник истории. Был восстановлен изначальный вид кровли по исследованиям О.Горбачевой. Малые главы приделов заново покрыты поливным лемехом.